1645 kamen die Kapuziner, der Reformorden der Franziskaner, auf Bitten Ferdinands von Bayern nach Brakel, um dort ein Kloster zu errichten und zur Erneuerung des Glaubens beizutragen. Der Bau des Klosters konnte wegen
des Widerstandes der Bürger erst 1654 beginnen. Es entstand auf dem Gelände des ehemaligen Heilig-Geist-Spitals,
dessen Kapelle durch die Klosterkirche ersetzt wurde. Bauherr war der Fürstbischof Franz Arnold von Wolff-Metternich zur Gracht. 1833 wurde das Kloster aufgelöst. Das Konventgebäude ist dem heiligen Kilian geweiht. Die
dazugehörige Kapuzinerkirche, die dem heiligen Franziskus geweiht ist, wurde nach Auflösung des Klosters von den evangelischen und katholischen Christen gemeinsam genutzt. Die katholische Kirchengemeinde ist seit 1912 Besitzer. Im einstigen Konventgebäude befindet sich heute das Pfarr- und Caritaszentrum.
Die zum Kloster gehörenden zwischen 1715 und 1718 gebauten Kapuzinerkirche ist der erste Bau des bedeutenden Architekten Johann Conrad Schlaun. Es handelt sich um eine aus Bruchstein gemauerte und verputzte Saalkirche.
An den Chor schließt sich im Osten der Brüderchor an. Durch ein Loch im Altar konnten sie an den Gottesdiensten
teilnehmen. Eine weitere Besonderheit ist die geschnitzte und von Engeln getragene Kanzel, die nur vom Gang
des Konventgebäudes (Pfarrzentrums) aus zu begehen ist.