Die Gründung der Pfarrei Benninghausen lässt sich in den schriftlichen Quellen ebenso wenig greifen wie ihre Geschichte vor 1240.
Die vor 1240 als Eigenkirche des Ritters Johann von Erwitte und seiner Ehefrau wurde mit der urkundlichen Übertragung 1240 den Zisterzienserinnen zur Nutzung übergeben, wobei die Pfarrrechte erhalten blieben. Der alte Wehrturm, der bis heute erhalten blieb, stammt aus der ersten Hälfte des 12. Jahrhundert und dient heute noch als Glockenturm.
- 1240 Die Eigenkirche als Klosterkirche den Nonnen übergeben.
- 1350 Ein romanischer Neubau ersetzt die baufällig gewordene Kirche.
- 1514 Bau der jetzigen Kirche durch die Äbtissin Anna von Kettler unter Mithilfe der Gemeinde/Kosten 1000 Goldgulden.
- 1892 Anbau von Muttergotteskapelle und Sakristei.
- 1957 Beseitigung der Kriegsschäden: Erneuerung der Chorfenster, Ausmalung der Kirche und Einbau der Heizung.
- 1981 Archäologische Ausgrabungen, Innenrenovierung und Erneuerung der Schiefereindeckung an Turm und Kirche.
Es war nicht möglich, archäologische Ergebnisse zu sichern, die zur Datierung der ersten Benninghauser Kirche hätten beitragen können. Da die Kirche ursprünglich keinen Westturm hatte, spricht alles dafür, dass diese im 11. Jahrhundert erbaut wurde, wenn nicht viel früher. Man darf also davon ausgehen, dass ein Vorgängerbau der St. Martinus Kirche zu Benninghausen bereits vor dem 11. Jahrhundert bestand.
Ein besonderer Schatz im Kirchenraum ist das Benninghauser Kruzifixus. Es gehört zu den außergewöhnlichsten Christusbildern des hohen Mittelalters. Der Körper mit den langen, schlanken Gliedmaßen, wirkt wie vor das Kreuz gespannt, überzogen von einem dichten Netz an Muskeln und Sehnen, ähnlich wie das Lendentuch mit seinen dichten Falten. Der Kruzifixus wurde erst nach einer umfassenden Restaurierung im Jahre 1950 als ein Werk des 11. Jahrhunderts erkannt.
Zuletzt wurde es für die Canossa-Ausstellung 2006 in Paderborn gereinigt.