Für mehr als drei Jahrhunderte hat das Rietberger Franziskanerkloster das politische, kulturelle und religiöse Leben der Grafschaft geprägt. Die Entstehung von Kirche und Kloster ist eng mit der Rekatholisierung der Grafschaft kurz vor Beginn des Dreißigjährigen Krieges verbunden. Im Jahre 1610 war das Land nach einer gut 70 Jahre währenden protestantischen Zeit auf Anordnung des Grafenhauses offiziell zum katholischen Glauben zurückgekehrt. Das
Franziskanerkloster wurde im Jahre 1618 gegründet, um nach mehrjähriger Missionsarbeit von Jesuiten aus Paderborn die Stadt- und Landbevölkerung in ihrem wiedergewonnenen katholischen Bekenntnis dauerhaft zu festigen.
Im Jahr 1618 erfolgte die Grundsteinlegung zu Kirche und Kloster, 1629 ihre Weihe durch den Paderborner Weihbischof Johannes Pelcking. Bis 1621 (Datumsstein im Giebelfenster) war der Kernbau der Klosteranlage entstanden.
Die Kirche war zunächst ein schlichter Saal von vier Jochen mit einem 3/6 Chorschluss und flacher Holzdecke. Bei
der Erweiterung um zwei Joche im Jahre 1725 wählte man statt des maniriert gotisierenden Maßwerks schlichte
Rundbogenfenster. Schon wenige Jahre vorher war anstelle des einfachen Gebäudetraktes des alten Klosters von
1629 eine dreiflügelige Klosteranlage mit Kreuzgang entstanden. Am 29. Juli 1716 war im Beisein von Maximilian
Ulrich Graf von Kaunitz-Rietberg die Grundsteinlegung durch den Clarholzer Propst Elbert Freiherr von Kückelsheim und den Abt der Zisterzienserabtei Marienfeld Everhard Gallenkamp vorgenommen worden. 1721 konnte der Neubau vollendet werden. Bis 1743 kam noch ein Ökonomieflügel entlang der Ems hinzu.
In der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts, während der Zeit des Kulturkampfes, mussten der Chor und die Verbindung zum Kloster, die durch ein Absinken des Wasserspiegels der Ems einzustürzen drohten, neu fundamentiert werden. Ein noch aus der Barockzeit stammendes Gewölbe musste aus statischen Gründen 1888 niedergelegt werden. Stattdessen wurde ein leichtes neugotisches Gewölbe eingezogen. Es ruht auf neu eingefügten Rundpfeilervorlagen, was die Raumgestalt stark verändert hat. Weitere Umbauten an Kloster und Kirche wurden noch einmal von 1899 bis 1902 vorgenommen. Einem verheerenden Brand im Jahre 1935 fielen der ursprüngliche Dachreiter und das historische Geläut zum Opfer.
Aus Mangel an Nachwuchs wurde das Rietberger Franziskanerkloster 1967 zu einer Residenz herabgestuft und im Jahre 1975 aufgehoben. Vier Jahre später verließ der letzte Franziskanerpater die Emsstadt. Kirche und Kloster wurden 1979 dem Erzbistum Paderborn übertragen. Die Kirche wird seitdem von der katholischen Pfarrgemeinde St. Johannes Baptist betreut. Seit dem 1. Juli 1969 nutzt das Jugendwerk Rietberg, eine Einrichtung der freien Jugendhilfe, die von der Jugendhilfe im Erzbistum Paderborn, gemeinnützige GmbH, getragen wird, die Klostergebäude.